Otwarta nauka: open source, otwarte dane, otwarty dostęp…

class: inverse, left, nonum, clear
background-image: url("figs/SAAM-1962.4.11_1.jpg")
background-size: cover

<br>
.titlestyle3[Otwarta nauka: ] <br>
.titlestyle2[open source, ] <br>
.titlestyle2[otwarte dane, ] <br>
.titlestyle2[otwarty dostęp...] <br><br>

.captionstyle[Jakub Nowosad]
.pull-right2[.captionstyle[2022-03-22]]

---
class: left, middle

### Uwaga:

## Nie jestem ekspertem w tym temacie.

## Jestem jedynie osobą, która stara się praktycznie wdrażać przedstawione dalej koncepcje.

<hr>

## Dodatkowo, poniższa prezentacja jest jedynie małym wycinkiem dyskusji na temat otwartej nauki

---
class: middle
# Otwarta nauka (ang. *Open Science*)

.lc[
<img src="figs/Open_Science_Logo_v3.svg.png" width="80%" />
]

###  Koncepcja, która łączy różne ruchy i praktyki mające na celu udostępnienie wiedzy naukowej, metod, danych i dowodów badawczych, zwiększenie współpracy naukowej, dzielenie się informacjami z korzyścią dla nauki i społeczeństwa oraz otwarcie procesu tworzenia i obiegu wiedzy naukowej z uwzględnieniem podmiotów społecznych spoza zinstytucjonalizowanej społeczności naukowej.

.rc2[UNESCO Recommendation on Open Science (2021)]

---
background-image: url(figs/os_diagram1.png)

---
# Otwarte dane

.pull-left[
*Open data* -  to informacje publicznie dostępne, jawne i bezpłatne

<hr>

Korzyści:

- redukacja kosztów ([1,7 bln Euro oszczędności administacji publiczej UE w 2020 roku](https://data.europa.eu/sites/default/files/edp_creating_value_through_open_data_0.pdf))
- tworzenie nowych, innowacyjnych produktów i usług ([100 000 miejsc pracy](https://data.europa.eu/sites/default/files/edp_creating_value_through_open_data_0.pdf))
- wspomaganie potwarzalności badań 
- otwieranie możliwości nowych badań

]

.pull-right[
<img src="figs/gugik.png" width="80%" />
https://www.gov.pl/web/gugik/dane-udostepniane-bez-platnie-do-pobrania-z-serwisu-wwwgeoportalgovpl
]

---
# Otwarte dane

.lc[
<img src="figs/logo-climate.png" width="40%" /><img src="figs/logo-rgugik.png" width="40%" />
]

.rc[
https://danepubliczne.imgw.pl/

<hr>

Otwarte dane mogą obejmować również dane zabrane czy wytworzone podczas badań naukowych
]

---
# Otwarta metodyka

.lc[
*Open methodology* - dokumentowanie stosowania metod oraz całego procesu badawczego, o ile jest to wykonalne

Podejście otwartej metodyki ma na celu wspieranie potwarzalności badań naukowych

Z tą koncepcją powiązane są idee otwartego oprogramowania i tzw. otwartych notatników (ang. *open notebooks*)
]

.rc[
https://github.com/Nowosad/motif-examples
<img src="figs/motif-example.png" width="80%" />
]

---
# Open source

.lc2[
https://jakubnowosad.com/motif/
<img src="figs/motif.png" width="90%" />
]

.rc2[
Oprogramowanie z otwartym kodem źródłowym - *open source* - idea nieograniczonego dostępu do kodu źródłowego oprogramowania

Ten kod źródłowy można modyfikować i rozpowszechniać w ramach zastosowanej licencji
]

---
# Open source

.pull-left[
Popularne licencje open source:

- Apache License 2.0
- BSD 2-Clause "Simplified" or "FreeBSD" license
- GNU General Public License (GPL)
- GNU Library or "Lesser" General Public License (LGPL)
- MIT license
- Mozilla Public License 2.0
]

.pull-right[
To pojęcie często ma szersze zastosowanie:

- Open-source software
- Open-source hardware
- Open-source food
- Open-source pharmaceuticals
- Open-source genomics
]

---
# Otwarty dostęp

.lc2[
*Open access* - wolny, powszechny i trwały dostęp do dokumentów będących wynikami badań (np. publikacji, abstraktów konferencyjnych, prac dyplomowych, monografów)

Uznanie określonej publikacji za otwarcie dostępną wymaga, aby daną publikację można byłoby

- swobodnie czytać
- kopiować
- przechowywać
- drukować
- wykorzystywać do celów naukowych czy dydaktycznych

zgodnie z prawem.
]

.rc2[
<img src="figs/655px-Open_Access_logo_PLoS_white.svg.png" width="873" />
]

---
background-image: url(figs/Piramida_otwartosci.svg.png)
background-size: contain

---
# Otwarty dostęp

Podstawowe modele otwartego dostępu:

- *gold open access* - wydawca udostępnia artykuł i związane z nimi treści od razu za darmo na stronie internetowej czasopisma. W takich publikacjach artykuły są udostępnianie na zasadach licencji creative commons lub podobnych. Większość czasopism w tym modelu pobiera APC (opłatę za przetworzenie artykułu)

- *diamond open access* - czasopismo publikuje w otwartym dostępie bez pobierania od autorów opłat za przetwarzanie artykułów

- *green open access* - niezależnie od publikacji przez wydawcę, autor umieszcza pracę na swojej stronie internetowej,stronie instytucji badawczej, która finansowała lub prowadziła prace, lub w niezależnym centralnym otwartym repozytorium

- *hybrid OA* - czasopismo zawiera zarówno artykuły o otwartym, jak i zamkniętym dostępie

---
# Otwarty dostęp

.pull-left[
*Gold open access*
<img src="figs/open-access.png" width="100%" />
]

.pull-right[
*Green open access*
<img src="figs/close-access.png" width="100%" />
https://v2.sherpa.ac.uk/romeo/
]

---
# Otwarte recenzje

.pull-left[
*Open peer review* - pojęcie określające szereg sposób dostosowania recenzji naukowych do celów otwartej nauki, obejmujące:

- ujawnienie tożsamości recenzenta i autora
- otwarte publikowanie recenzji
- otwartą możliwość udziału w procesie recenzji
- otwartą interakcję między autorem a recenzentem
- otwarte komentowanie ostatecznej wersji
]

.pull-right[


]

---
# Otwarte recenzje

.lc[
Przykłady wydawnictw i czasopism wspierających (w różnym stopniu) otwarte recenzje:

- [Copernicus Publications](https://publications.copernicus.org/)
- [Journal of Open Source Software](https://joss.theoj.org/)
- [Frontiers](https://www.frontiersin.org/)
- [PeerJ](https://peerj.com/)
- [PLOS](https://plos.org/)
]
.rc[
https://soil.copernicus.org/preprints/soil-2021-80/
<img src="figs/rossiter0.png" width="90%" />

]

---
# Otwarte recenzje

.lc[
Przykłady wydawnictw i czasopism wspierających (w różnym stopniu) otwarte recenzje:

---
# Otwarte zasoby edukacyjne

.pull-left[
*Open educational resources* - materiały, które służą do nauczania i uczenia się, udostępnione na otwartych licencjach lub znajdujące się w domenie publicznej

<hr>

Rodzaje:

- prezentacje
- grafiki
- zdigitalizowane zbiory bibliotek cyfrowych
- otwarte podręczniki i lektury
- otwarte kursy
]

.pull-right[
Przykłady:

- [Open Textbook Library](https://open.umn.edu/opentextbooks/)
- [OpenStax](https://openstax.org/)
- [Wolne lektury](https://wolnelektury.pl/)
- [Otwarte Zasoby](https://otwartezasoby.pl/)
]

---
# Otwarte zasoby edukacyjne
.lc2[
https://jakubnowosad.com/elp/
<img src="figs/cover.png" width="36%" style="display: block; margin: auto;" />
<img src="figs/book-license.png" width="965" />
]
.rc2[
*Open educational resources* - materiały, które służą do nauczania i uczenia się, udostępnione na otwartych licencjach lub znajdujące się w domenie publicznej
]

---
# Wybrane problemy otwartej nauki

.pull-left[
Ogólne problemy:

- problem nakładu dodatkowej pracy i energii
- problem kosztów finansowych
- [problem niezgodności polityki naukowej czy systemu ewaluacji a otwartej nauki](https://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2020/12/01/beyond-mandates-for-open-science-to-become-a-norm-it-must-be-recognised-and-rewarded/)
- problem zmiany myślenia o udostępnianiu informacji
- problem zmian prawnych

]

.pull-right[
Otwarte dane - tradycje dziedzinowe

Otwarta metodyka - wymagania i ograniczenia techniczne

Open source - [problem trwałego rozwoju](https://matt.life/writing/the-asymmetry-of-open-source)

Otwarty dostęp - [koszt](https://www.nature.com/articles/d41586-020-03324-y?utm_source=pocket_mylist); obawa o usidlenie nauki w rękach komercyjnych wydawnictw

Otwarte recenzje - [obawa związana ze zmniejszeniem krytyczności recenzji](https://en.wikipedia.org/wiki/Open_peer_review#Advantages_and_disadvantages)

Otwarte zasoby edukacyjne - obawa o jakość tych zasobów

]

---
# Korzyści ze stosowania otwartej nauki

.pull-left[
Otwarta nauka jest zgodna z dobrymi praktykami badawczymi:

- dzielenie się wiedzą
- wspieranie transparentności badań
- maksymalizacja korzyści dla społeczeństwa i uniknie marnotrawienia zasobów

]

.pull-right[

<blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr">Our goal: Stop having to use the prefix &#39;open&#39;, as this will be made the default setting.<br>Open science -&gt; Science.<br>Open data -&gt; Data.<br>Open access publishing -&gt; Published.<br>Open software -&gt; Software.<br>Open evaluation -&gt; Evaluation.<br>You get the picture..</p>&mdash; Jon Tennant (@Protohedgehog) <a href="https://twitter.com/Protohedgehog/status/999658893738414085?ref_src=twsrc%5Etfw">May 24, 2018</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script>

]
---
# Korzyści ze stosowania otwartej nauki

Zwiększenie wydajności naukowej (przyspieszenie inowacji i odkryć)

Promowanie rzetelności naukowej i podnoszenie jakości badań

Zwiększenie widoczności badań

Zwiększenie transparentności badań naukowych

Umożliwienie publicznego dostępu do efektów badań, wliczając w to publikacje naukowe, dane naukowe czy oprogramowanie naukowe

Ułatwienie współpracy naukowej oraz zwiększenie zaangażowania publicznego

---
# Inicjatywy wspierające otwartą naukę

.lc[
- [Budapest Open Access Initiative (2002)](https://www.budapestopenaccessinitiative.org/)
- [Komisja Europejska, Scientific Information in The Digital Age: Access, Dissemination and Preservation (2007)](https://eur-lex.europa.eu/legal-content/EN/TXT/HTML/?uri=CELEX:52007DC0056&from=en)
- [Plan S (2018)](https://www.coalition-s.org/)
- [UNESCO Recommendation on Open Science (2021)](https://en.unesco.org/science-sustainable-future/open-science/recommendation)
]

.rc[
<div class="figure">
<img src="figs/dutch.png" alt="https://www.nature.com/articles/d41586-021-01759-5" width="1204" />
<p class="caption">https://www.nature.com/articles/d41586-021-01759-5</p>
</div>
- [Polityka NCN dotycząca otwartego dostępu do publikacji (2020)](https://www.ncn.gov.pl/aktualnosci/2020-06-03-wprowadzenie-polityki-otwartego-dostepu)
- [Polityka otwartego dostępu do publikacji naukowych i danych badawczych pracowników i doktorantów Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (2021)]( https://bip.amu.edu.pl/__data/assets/pdf_file/0028/178480/ZR-47-2020-2021-Zal.1.pdf)
]

---
# Narzędzia

.pull-left[
Otwarte dane:

- [Open Science Framework](https://osf.io/)
- [Zenodo](https://zenodo.org/)
- [Figshare](https://figshare.com/)
- [Dryad Digital Repository](https://datadryad.org/)
    
Otwarta metodyka:

- Języki programowania
- [binder](https://mybinder.org/)
- [openlabnotebooks.org](https://openlabnotebooks.org/)

Open source:

- [GitHub](https://github.com/)
- [GitLab](https://gitlab.com/)

]

.pull-right[
Otwarty dostęp:

- [EarthArXiv](https://eartharxiv.org/)
- [EcoEvoRxiv](https://ecoevorxiv.org/)
- [bioRxiv](https://www.biorxiv.org/)

Otwarte zasoby edukacyjne:

- [AMUR](https://repozytorium.amu.edu.pl/)

Licencje:

- [Creative Commons](http://creativecommons.org/)
- [Creative Commons Polska](http://creativecommons.pl/)
- [SHERPA/ROMEO](http://www.sherpa.ac.uk/romeo.php)

[Ogólne rekomendacje](https://uwolnijnauke.pl/dla-autorow)
]

---
# Źródła wiedzy

- [Materiały z Open Science Workshop przeprowadzonego w LMU Open Science Center](https://osf.io/zjrhu/)
- [Adamiec A. (2021) Otwarta nauka. Ogólne zagadnienia ](https://bg.sggw.edu.pl/wp-content/uploads/sites/57/2021/10/Otwarta-nauka.-Ogolne-zagadnienia_2021.10.25.pdf)
- [Witkowska E. (2021) Otwartość w nauce i edukacji w pracy bibliotekarza akademickiego](https://repozytorium.uwb.edu.pl/jspui/bitstream/11320/10275/4/Otwarto%C5%9B%C4%87%20w%20nauce%20i%20edukacji%20-%20prezentacja%20szkoleniowa.pdf)
- [Hofmokl J. i in. (2009) Przewodnik po otwartej nauce](https://otwartanauka.pl/images/PDFs/przewodnik-po-otwartej-nauce.pdf)
- [Pros and cons of open peer review. Nat Neurosci 2, 197–198 (1999). https://doi.org/10.1038/6295](https://www.nature.com/articles/nn0399_197)
- [Otwarte dane a potencjał ich wykorzystania w kontekście komercyjnym (2019)](https://medium.com/blog-transparent-data/otwarte-dane-a-potencja%C5%82-ich-wykorzystania-w-kontek%C5%9Bcie-komercyjnym-f4b98964371)
- [Jest wartość w otwartych danych. Pytanie tylko, jak duża? Prognozy UE na 2020 (2018)](https://medium.com/blog-transparent-data/jest-warto%C5%9B%C4%87-w-otwartych-danych-pytanie-tylko-jak-du%C5%BCa-prognozy-ue-na-2020-58c08e491681)

W prezentacji wykorzystano ilustracje autorstwa [K. Grodecka](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Piramida_otwartosci.svg) oraz [D. Schindler, G.emmerich](https://pl.wikipedia.org/wiki/Plik:Open_Science_Logo_v3.svg) udostępnione na licencji [CC BY-SA 3.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/deed.pl)

.footnote[

<a rel="license" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/"><img alt="Licencja Creative Commons" style="border-width:0" src="https://i.creativecommons.org/l/by/4.0/88x31.png" /></a><br />Ta prezentacja jest dostępna na <a rel="license" href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">licencji Creative Commons Uznanie autorstwa 4.0 Międzynarodowe</a>.

]